Przyszły kardynał urodził się 20 grudnia 1934 w mieście Muntilan na terenie archidiecezji Semarang na środkowej Jawie jako najmłodszy z sześciu synów. W latach 1940-49 uczył się w różnych szkołach, także kościelnych, a w latach 1951-57 – w niższym seminarium duchownym w Magelangu. 7 grudnia 1957 wstąpił do Towarzystwa Jezusowego, składając w nim pierwsze śluby 8 września 1959. W latach 1961-64 kształcił się w kolegium jezuickim w Poonie w Indiach, a po powrocie do kraju był m.in. wykładowcą w seminarium w Magelangu.

18 grudnia 1969 przyjął w Yogyagakarcie święcenia kapłańskie, po czym kontynuował studia na uczelniach w swoim kraju i pracował duszpastersko w kilku parafiach. W latach 1971-83 był wicerektorem a od 1981 rektorem niższego seminarium duchownego św. Piotra Kanizjusza w Semarangu, udzielał się również we władzach swej ojczystej archidiecezji, m.in. jako odpowiedzialny za wychowanie i oświatę kościelną. W latach 1981-83 był prowincjałem jezuitów w Indonezji.

19 lutego 1983 św. Jan Paweł II mianował go arcybiskupem metropolitą Semarangu (sakrę nominat przyjął 29 czerwca tegoż roku). Na swe hasło biskupie wybrał słowa „Dalam nama Yesus”, czyli „W Imię Jezusa”. W rok później, 28 kwietnia 1984 papież mianował go także biskupem polowym Indonezji. W latach 1988-97 i 2000-06 abp Darmaatmadja był przewodniczącym konferencji episkopatu swego kraju.

Na konsystorzu 26 listopada 1994 (a więc równo 20 lat temu) Ojciec Święty włączył niespełna 60-letniego hierarchę w skład Kolegium Kardynalskiego, a 11 stycznia 1996 przeniósł go na stolicę metropolitalną Dżakarty. W dniach 18-19 kwietnia 2005 wziął udział w konklawe, które wybrało Benedykta XVI. 9 sierpnia tegoż roku otrzymał z rąk prezydenta Susilo Bambanga Yudhoyono Wielką Gwiazdę Mahaputera, przyznaną mu z okazji 60-lecia niepodległości kraju.

2 stycznia 2006 ustąpił ze stanowiska biskupa polowego Indonezji, a 28 czerwca 2010 – z urzędu metropolity stolicy. Zastąpił go tam abp Ignatius Suharyo Hardjoatmodjo, którego już rok wcześniej Benedykt XVI mianował, ze względu na pogarszający się stan zdrowia kardynała, arcybiskupem-koadiutorem Dżakarty. Właśnie stan zdrowia – przede wszystkim kłopoty ze wzrokiem – skłoniły 78-letniego wówczas arcybiskupa-seniora do rezygnacji z udziału w kolejnym konklawe (12-13 marca 2013), które wybrało papieża Franciszka. Po ustąpieniu z czynnego życia w Kościele purpurat przebywa w domu opieki dla starszych biskupów i księży w Ungaran City w środkowej Jawie.

Kolegium Kardynalskie liczy obecnie 208 członków, z tego 97 powyżej 80. roku życia, w tym 2 mianowanych przez Pawła VI, 73 – przez Jana Pawła II, 19 – przez Benedykta XVI i 3 przez Franciszka; a wśród 111 purpuratów, mających prawa wyborcze, 34 powołał do Kolegium Papież-Polak, 61 – jego następca i 16 – Franciszek.

Najstarszymi wiekowo kardynałami są Włosi: Loris Capovilla (ur. 14 X 1915) i Giovanni Canestri (30 IX 1918) oraz Libańczyk Nasrallah Pierre Sfeir (15 V 1920), najmłodszymi zaś Hindus Baselios C. Thottunkal z Kościoła syromalankarskiego (15 VI 1959), Haitańczyk Chibly Langlois (29 XI 1958) i Kanadyjczyk Gérald Cyprien Lacroix (27 VII 1957). Najdłuższy staż w Kolegium Kardynalskim ma Brazylijczyk Paulo Evaristo Arns OFM (14 IX 1921), mianowany kardynałem 5 III 1973. Ponadto należy pamiętać, że Benedykta XVI mianował kardynałem Paweł VI dnia 27 VI 1977 a Franciszka – św. Jan Paweł II w dniu 21 II 2001.