Bp Monastyrski uprzedzony już przez ks. Semenenkę nie robił ks. Pelczarowi trudności z wyjazdem do Rzymu, zamiast, jak wstępnie planował, do Wiednia.
Ucieszony tym aktem biskupiej życzliwości Józef zajechał rozradowany do Korczyny na wesele swojej siostry. Niedługo potem rozpoczęły się niełatwe dni pożegnania. Oto jak sam opisuje swój odjazd i pobyt w Rzymie.
"Po krótkim pobycie w Przemyślu, przybyłem 6 grudnia do Korczyny, aby już 10 grudnia w dalszą puścić się drogę. Cała rodzina odprowadziła mnie do Odrzykonia i tu nad Wisłokiem pożegnała mię z płaczem, a tylko ojciec pojechał ze mną do Tarnowa. W Wiedniu odwiedziłem serdecznego przyjaciela mojego ks. Jakuba Glazera i przedstawiłem się nuncjuszowi abp. Falcinelliemu, który z wielką uprzejmością ściskał mnie i błogosławił.
Z Wiednia drogą prześliczną na Semmering przybyłem do Wenecji, a uczciwszy tu grób św. Marka i zwiedziwszy osobliwości tego miasta, podążyłem już to koleją, już dyliżansem na Bolonię, Livorno i Civita - Vechię do Rzymu. W Padwie odprawiłem Mszę św. na grobie św. Antoniego i zwiedziłem kościół św. Justyny, gdzie są relikwie św. Łukasza. Wreszcie po dziewięciodniowej podróży zobaczyłem z niemałym wzruszeniem kopułę św. Piotra.
Do dziś Panu Bogu dziękuję, że mnie zaprowadził do Rzymu, bo wiele tam skorzystałem dla umysłu i serca. Ponieważ Kolegium Polskie nie było jeszcze gotowe, przeto zamieszkałem w domu prywatnym przy placu S. Maria Maggiore, wespół z czterema innymi kolegami: Karolem Zoellerem, późniejszym katechetą w Brodach, Józefem Dąbrowskim, późniejszym proboszczem Polonii (w Stanach Zjednoczonych) i założycielem seminarium polskiego w Detroit, Władysławem Cichowiczem, późniejszym proboszczem w diecezji poznańskiej i Janem Radziejewskim, późniejszym pasterzem jednej z parafii polskich w Chicago. Modlitwy wspólne i pożywienie mieliśmy u ojców zmartwychwstańców na Via Paolina, ale w miesiącach zimowych było nam chłodno i głodno, bo i w klasztorku ojców była bieda, tak że zacny o. Hieronim Kajsiewicz co dzień kazał nam modlić się o chleb do św. Józefa i św. Kajetana.
W r. 1866 chodziłem do jezuickiego Collegium Romanum na teologię, w latach 1867 i 1868 do Liceum św. Apolinarego na prawo kościelne; w tym czasie złożyłem z łaski Bożej pomyślnie 5 egzaminów i dwa klauzurowe pisemne a otrzymałem dwa doktoraty z teologii i z prawa kanonicznego. Koszta dyplomów pokrył zacny ks. rektor Skwierczyński. Krom tego starałem się korzystać z rozmów z takimi mężami światłymi i świątobliwymi, jak o. Hieronim Kajsiewicz, o. Piotr Semenenko, o. Aleksander Jełowicki (który często przyjeżdżał z Paryża), o. Julian Feliński (który czas jakiś był wicerektorem Kolegium po ks. Antonim Krechowieckim) i inni. W chwilach wolnych zwiedzałem przesławne kościoły rzymskie, katakumby, muzea i pomniki starożytne, bo silnym bodźcem była pobożność i ciekawość. Szczególnie groby Apostołów i kości Męczenników przemawiały silnie do duszy, tak że przy grobach św. Ignacego i św. Alojzego i św. Stanisława Kostki zapragnąłem wstąpić do Towarzystwa Jezusowego, by oddać się całkowicie pracy apostolskiej i misyjnej. Ale zrozumiawszy podczas rekolekcji, w tej myśli odprawionych, że nie jest to wolą Bożą, złożyłem przepisaną w Kolegium przysięgę, że wrócę do swojej diecezji. Z wielką pociechą bywałem na nabożeństwach, które sam Ojciec Święty Pius IX odprawiał, albo w których uczestniczył; a nawet miałem po kilkakroć to szczęście, że ucałowałem jego stopy. Zachwycała mię anielska jego postać, niewzruszona w tylu walkach stałość i szczególna dla Polaków życzliwość.
Rzym był wówczas miastem papieskim, szczęśliwym i świętym; acz do niego rewolucja, tajna czy jawna (z koroną sabaudzką na głowie) starała się wcisnąć. Zwłaszcza najazd Garibaldiego w r. 1867 wywołał pewne rozruchy.
Dopiero 25 marca 1866, po przerobieniu skrzydła klasztoru ojców mercedariuszów na Via Salaria Vecchia, otwarte zostało nowe Kolegium Polskie, w obecności kard. Claretti-Varaccianiego i prałatów Franchiego, Simeoniego, Jacobiniego i Passeriniego, serdecznych przyjaciół nieszczęśliwej Polonii. Weszło tam sześciu alumnów, tak że wszystkie dzielnice polskie były reprezentowane; w roku 1867 było ich dziewięciu.
Już 16 maja 1866 odwiedził to małe gniazdko polskie Ojciec Święty i okazał się dziwnie łaskawym; a mnie nie wyjdą nigdy z pamięci te słowa, które sam napisał u spodu swojej fotografii: «Niech Pan rządzi wami a na niczym wam brakować nie będzie», bo one sprawdziły się nieraz w moim życiu. Lato w r. 1866 i 1867 przepędziłem z kolegami w miłym miasteczku Genzano, gdzie nie tylko przygotowałem się do egzaminów, ale wiele dzieł pożytecznych, zwłaszcza treści ascetycznej, przeczytałem. Tu urodziło się Życie duchowne. Zarzucić sobie jednak muszę, że zbyt forsownie pracowałem i za prędko składałem egzaminy, bo na tym moje nerwy a szczególnie nerwy żołądka, niemało ucierpiały. Przyczyniła się do tego i ta okoliczność, że wbrew zwyczajom rzymskim uczyłem się w upałach i wstrzymywałem się od używania wina.
Miłą przerwą w znojnej pracy była uroczystość kanonizacji bł. Jozefata w r. 1867, na którą przybyli z kraju dwaj biskupi łacińscy (Wierzchleyski i Monastyrski) i wielu księży, między nimi proboszcz samborski ks. Jedliński i mój kolega ks. Krementowski. Usługiwałem im chętnie, ale zapadłem przy tym na zdrowiu. Odprowadzając ich do Loreto, uczciłem po raz pierwszy Domek nazarecki. Tegoż roku, we wrześniu modliłem się przed obrazem Matki Boskiej Dobrej Rady w Gen-zano (bo drugi raz dopiero 23 kwietnia 1910), w Mentorelli, Subiaco i Vicovaro (gdzie w obrazie Najświętsza Panna poruszała oczyma w r. 1862). W tej podróży omal nie wpadliśmy w ręce brygantów w lasach przed Civitellą. Bliższe szczegóły z mojego pobytu w Rzymie zamieściłem w osobnym pamiętniczku.
17 kwietnia 1868 opuściłem Kolegium Polskie, wynosząc zeń nader miłe wspomnienia. To mię tylko bolało, że w r. 1866 nie mieliśmy spowiednika Polaka, bo z rozkazu Ojca Świętego a na wniosek komisji, spowiadał nas o. Bottig, jezuita niemieckiej narodowości, który znał dobrze języki wschodnie, nawet i chiński, ale po polsku nie umiał, jak niemniej, że w kierowaniu alumnami, różnego ducha, brakowało sprężystości, jednolitości i pomocy w studiach, bo o. rektor Semenenko, acz sam świątobliwy i bardzo uczony, nie miał dosyć czasu i energii".