Jedyną dostępną kryptą w Sanktuarium, będącą jednocześnie jednym z najstarszych miejsc Jasnej Góry, jest ta znajdująca się w tzw. przybudówce kaplicy Matki Bożej. Tam w 36. niszach wykutych w skale pochowani są ojcowie i bracia paulini. Ich kości złożono we wspólnym grobie 13 października 1836 r. po 7-godzinnym nabożeństwie żałobnym. W krypcie spoczywają m.in. o. Pius Przeździecki – generał Zakonu Paulinów w okresie II wojny światowej oraz o. Piotr Markiewicz - przeor Jasnej Góry w czasie I wojny światowej i późniejszy wieloletni Generał Zakonu.

W podziemiach pochowany był także jeden z najbardziej znanych paulinów, o. Augustyn Kordecki, bohaterski przeor Jasnej Góry z czasów „Potopu” szwedzkiego. 24 marca 1673 r. mnisi odprawili nabożeństwo żałobne, a doczesne szczątki swego przeora złożyli w najbardziej zaszczytnym miejscu, pod ołtarzem Matki Bożej. W 1973 r. , z okazji uczczenia 300. rocznicy śmierci o. Kordeckiego wystawiono odnalezioną urnę z jego prochami. Znalazła ona swe stałe miejsce w zaszklonej niszy lewej ściany Kaplicy Matki Bożej.

Jednak krypty na Jasnej Górze kryją nie tylko doczesne szczątki ojców i braci paulinów. Już w 1466 r., jak wynika z dokumentu odpustowego dla Jasnej Góry, na terenie dzisiejszego sanktuarium istniał cmentarz, gdzie pielgrzymi modlili się za zmarłych. W Polsce już w średniowieczu klasztory miały prawo grzebania zwłok swych dobrodziejów i konfratrów. Teren dzisiejszych krużganków tzw. Wieczernika, to przestrzeń byłego przykościelnego cmentarza.

W Kaplicy Matki Bożej znajduje się kilka XVII-wiecznych nagrobków, które kryją szczątki dobrodziejów sanktuarium, m.in. Heleny z książąt Wiśniowieckich Warszyckiej - kasztelanowej krakowskiej, Stanisława Warszyckiego, wojewody mazowieckiego i kasztelana krakowskiego, księdza Stanisława Krajewskiego, kustosza katedry łowickiej, Jana Klemensa Branickiego, podkomorzego krakowskiego, starosty bocheńskiego i wielickiego. Znaleźli tu również miejsce ostatniego spoczynku członkowie rodzin m.in. Męcińskich i Żabickich oraz Zygmunt Grudziński i Jan Branicki.

Do bazyliki jasnogórskiej przylegają dwie reprezentacyjne, prywatne kaplice grobowe: Jabłonowskich i Denhoffów.

Wejście do kaplicy Denhoffów prowadzi z prawej bocznej nawy Bazyliki przez portal z czarnego marmuru dębnickiego, z XVII wieczną ozdobną kratą, zwieńczona godłem paulinów. Kaplica jest udostępniona dla pielgrzymów i zwiedzających. Ponadto jest tradycyjnym miejscem przedpogrzebowym wystawienia ciał zmarłych paulinów oraz odprawiania nowenny paulinów przed świętem Patrona Zakonu.Pod kaplicą mieści się krypta grobowa z zachowanymi około dwudziestoma trumnami z wieku XVII i XVIII członków rodziny Denhoffów oraz kilku zakonników paulińskich.

Kaplica Jabłonowskich dziś nazywana Kaplicą Najświętszego Serca Pana Jezusa powstała w latach 1751-1759 jako mauzoleum grobowe. Fundatorem był Stanisław Wincenty Jabłonowski, wojewoda rawski (spoczywa on pod Bazyliką). Była ona przebudowana z istniejącej wcześniej Kaplicy Świętych Aniołów Stróżów.

Pod posadzką bazyliki znajdują się również inne krypty. Badania archeologiczne z lat 2009-2012 wykazały, że pod podłogą „dużego kościoła” istniał pierwotnie cmentarz ziemny. Następnie po wybudowaniu na nim bazyliki, pod jej posadzką urządzono prawdopodobnie kilkanaście krypt grobowych (dotychczas odkryto 6 murowanych). Pochowani są w niej zakonnicy paulińscy oraz osoby świeckie. W niektórych kryptach odkryto unikatowe pochówki trumienne z XV wieku tzw. dłubanki, czyli pochówki w wydrążonych pniach drzew.

Wyjątkową wymowę ma na Jasnej Górze kaplica Pamięci Narodu. To miejsce zadumy i modlitwy za tych, którzy przelali swoją krew, oddali siły i życie, aby Ojczyzna żyła i rozwijała się w duchu chrześcijańskim. Kaplicę otwarto w 1989 r. w zaadaptowanym do tego celu wnętrzu siedemnastowiecznej dzwonnicy, usytuowanej w pobliżu pomnika o. Kordeckiego, którego imieniem Kaplica została nazwana. Przeznaczona jest na umieszczenie narodowych relikwii - urn z prochami oraz tablic pamięci narodowej.

Znalazły tu więc miejsce m.in. urny z ziemią zroszoną krwią powstańców wielkopolskich, żołnierzy I Wojny Światowej, żołnierzy biorących udział w wojnie z Rosją pod dowództwem Naczelnika Państwa Józefa Piłsudskiego, żołnierzy II Wojny Światowej, walczących na przyczółku Westerplatte, pod Monte Cassino, Tobrukiem. Narvikiem, Arnhem, Falaise, Kołobrzegiem, Kockiem, bohaterskich powstańców Warszawy. Jest ziemia z obozów koncentracyjnych w Mauthausen i Oświęcimiu.

Od 1968 r. zmarli ojcowie i bracia paulini chowani są na miejskim cmentarzu św. Rocha w Częstochowie. W pierwszym grobowcu z wizerunkiem Maryi Jasnogórskiej spoczywa m.in. o. Wawrzyniec Kościelecki - wieloletni opiekun chórów jasnogórskich, dyrygent i organizator śpiewów liturgicznych. W drugim grobowcu, nad którym góruje figura Chrystusa Zmartwychwstałego, spoczywa m.in. o. Rufin Abramek - przeor Jasnej Góry i założyciel miesięcznika „Jasna Góra”, o. Teofil Krauze - Przeor Jasnej Góry w okresie Millenium, o. Paweł Kosiak - wybitny mariolog i kaznodzieja, o. Honorat Marcinkiewicz - wieloletni jasnogórski archiwista.

Krypy w podziemiach Kaplicy Matki Bożej udostępnione są dla pielgrzymów przez cały listopad.