- Piękny kościół, byłby dobry na katedrę - powiedział Ojciec Święty 8 czerwca 1991 r., gdy przejeżdżał koło kościoła św. Floriana do bazyliki Najświętszego Serca Jezusowego, na inaugurację II Synodu Plenarnego. W niecały rok później erygował diecezję warszawsko-praską, z kościołem św. Floriana jako katedrą.

Budowa kościoła św. Michała Archanioła i św. Floriana Męczennika rozpoczęła się w 1887 r. i trwała do 1901 r. Świątynię zaprojektował znany architekt Józef Pius Dziekoński (1844-1927), kawaler papieskiego Orderu Św. Grzegorza Wielkiego, doktor honoris causa Politechniki Lwowskiej. Spośród siedemdziesięciu kościołów, które zaprojektował (m.in. Najświętszego Zbawiciela i św. Karola Boromeusza), kościół św. Floriana uważał za swoje największe osiągnięcie artystyczne. Trzynawowy kościół zbudowano w stylu neogotyckim. Architektowi udało się odtworzyć w neogotyku to, co ówcześni historycy sztuki nazwali gotykiem nadwiślańskim. Zbudowana z cegły świątynia posiadała dwie siedemdziesięciopięciometrowe wieże. W swoim wnętrzu mogła pomieścić dziesięć tysięcy wiernych.

29 września 1901 r. kościół został konsekrowany przez sufragana warszawskiego bp. Kazimierza Ruszkiewicza (1836-1925). Przez wiele lat wnętrze świątyni było uzupełniane i upiększane. Po śmierci Józefa Dziekońskiego nad architekturą wnętrza kościoła czuwał jego uczeń prof. Zdzisław Mączyński.

Kiedy w 1923 r. nastąpił wybuch w Cytadeli, wieże kościoła zaczęły pękać i musiano je obniżyć do 2/3 wysokości. Było to duże i dość skomplikowane przedsięwzięcie, o którym bardzo obszernie pisała ówczesna prasa, często używając wobec kościoła określenia "warszawska Notre Dame". W okresie międzywojennym proboszczem był tu sługa Boży ks. Ignacy Kłopotowski (1866-1931), założyciel Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Loretańskiej, redaktor i wydawca, opiekun ubogich. Jego proces beatyfikacyjny odbywa się już na szczeblu Stolicy Apostolskiej.

We wrześniu 1939 r., podczas pierwszych działań wojennych, kościół wiele nie ucierpiał. Niestety, ówczesny proboszcz 59-letni ks. kanonik Franciszek Garncarek 20 grudnia 1943 r. został zastrzelony, gdy wychodził z kościoła po odprawieniu Mszy św. (inne źródła podają, że śmierć poniósł w kancelarii lub na progu plebanii). Według jednej z hipotez, miał on kontakty z Armią Krajową i był zaangażowany w akcję "Żegota" organizującą pomoc dla Żydów. Według jednego ze źródeł, na terenie kościelnym ukrywał on Żydów, a jeden z nich, niejaki Eliasz Finkiel miał się po wojnie odwdzięczyć, wspomagając odbudowę kościelnych wież. Trudno po latach zweryfikować te fakty, zwłaszcza postać wspomnianego Żyda.

We wrześniu 1944 r., po stłumieniu Powstania Warszawskiego na Pradze, Niemcy postanowili wysadzić świątynię w powietrze. Działanie to nie było podyktowane żadnymi względami strategicznymi, chodziło jedynie o zniszczenie jednego z symboli warszawskiej Pragi. I choć po pierwszym podminowaniu świątyni i wybuchu solidnie zbudowane mury ocalały, hitlerowcy nie dali za wygraną. Podminowali kościół jeszcze raz i 20 września 1944 r. obrócili go w ruinę. Ocalała tylko część ścian bocznych z figurami patronów kościoła - św. Michała Archanioła i św. Floriana.

W 1947 r. miejscowi parafianie wraz ze swoim proboszczem - pozostającym do dzisiaj w pamięci najstarszych mieszkańców Pragi - ks. prał. Feliksem de Ville, rozpoczęli odbudowę kościoła. Trzeba było wykonać niezwykle trudną i czasochłonną pracę - usunąć tony gruzu i rozpocząć stawianie nowych ścian. Plany rekonstrukcji wykonał prof. Stanisław Marzyński. Przy odbudowie wykorzystano ocalałe fragmenty murów świątyni z figurami jej patronów. Modyfikując nieco projekt Dziekońskiego, prof. Marzyński wprowadził w prezbiterium wewnętrzne umocnienia żelbetonowe, podniósł dach nad prezbiterium, ubogacił sygnaturę koroną Matki Bożej. Do 1951 r. udało się wykonać nawę główną, zakrystię i kaplicę pogrzebową. Wtedy też kościół został oddany do użytku wiernych. W latach późniejszych wielkie zasługi przy odbudowie położył ks. prał. Stanisław Wierzejski, od 1958 r. długoletni proboszcz miejscowej parafii. On dokończył odbudowę kościoła, to za jego probostwa rozpoczęto starania o odbudowę wież. Niestety, ówczesny szef partii komunistycznej Władysław Gomułka był nieugięty. "Szybciej mi włosy wyrosną - mówił wskazując na swoją łysinę - niż Florian będzie miał wieże". Trzeba było więc długo czekać, zwłaszcza że - w myśl założeń polityki partii - kościelne wieże nie mogły przysłaniać socjalistycznego budownictwa. Ale jeszcze za rządów Gomułki parafia ogłosiła apel do mieszkańców Pragi o dostarczenie zdjęć przedwojennego wyglądu kościoła. "Florian" jednak doczekał się wież... W czasie duszpasterzowania ks. prał. Wierzejskiego, w kościele rozpoczęto odprawiać nabożeństwa do Miłosierdzia Bożego. Można powiedzieć, że obecna katedra jest najstarszym w stolicy sanktuarium Jezusa Miłosiernego, a Jego obraz od lat otoczony jest szczególną czcią wiernych z całej Warszawy. Przed nim, piątego dnia każdego miesiąca, odbywają się nabożeństwa do Miłosierdzia Bożego. W kruchcie kościoła znajduje się krucyfiks ocalały ze zburzonego podczas wojny kościoła Przemienienia Pańskiego, który znajdował się na terenie pobliskiego szpitala. Tabliczki wotywne umieszczane od lat w tym miejscu świadczą, że wiele łask uzyskali wierni modląc się przed tym wizerunkiem Chrystusa Ukrzyżowanego.

Ze względu na patrona, św. Floriana, kościół od lat jest miejscem modlitwy warszawskich strażaków, którzy gromadzą się tu głównie na dorocznym odpuście. Modlą się wówczas przed ocalałą z pożogi wojennej figurą św. Floriana.

Nowa sytuacja powstała po 25 marca 1992 r., kiedy to Ojciec Święty Jan Paweł II zreorganizował strukturę diecezjalną Kościoła w Polsce, ustanawiając m.in. diecezję warszawsko-praską. Katedrą jej pierwszego biskupa Kazimierza Romaniuka został kościół św. Floriana. Do nowych funkcji świątynia musiała zostać przygotowana. Ustawiono tron biskupi i stalle dla członków Kapituły Katedralnej, odnowiono prezbiterium. Na mocy decyzji Kongregacji Kultu Bożego i Sakramentów, 5 maja 1997 r. została podniesiona do godności bazyliki mniejszej. Rok później, 1 maja 1998 r. kard. Angelo Sodano, sekretarz stanu Stolicy Apostolskiej przewodniczył tu Mszy św. z udziałem Episkopatu Polski oraz poświęcił znajdujące się na frontonie katedry herby Pragi i bp. Kazimierza Romaniuka.

Najważniejszym jednak wydarzeniem w przeszło stuletnich dziejach obecnej katedry diecezji warszawsko-praskiej była wizyta Ojca Świętego Jana Pawła II, która miała miejsce wieczorem w niedzielę 13 czerwca 1999 r. Papież przewodniczył wtedy Liturgii Słowa i wygłosił homilię. To stąd apelował o świętowanie niedzieli i by rodzice razem z dziećmi brali udział w Eucharystii. Pozostawił w darze diecezji warszawsko-praskiej złoty kielich. Zobowiązał lokalny Kościół do podtrzymywania pamięci o Cudzie nad Wisłą. Po udzieleniu błogosławieństwa, Jan Paweł II nawiedził bazylikę katedralną. Modlił się przed Najświętszym Sakramentem, a następnie pobłogosławił przyniesione tam kamienie węgielne pod budowę nowych kościołów i dzwony.

Aktualnie proboszczem parafii katedralnej jest ks. kanonik Adam Krukowski.